Esta investigación busca estimar la magnitud de la segregación escolar por nivel socioeconómico en educación primaria y secundaria en México y sus entidades federativas. Para ello, se ha realizado una explotación de los microdatos del Plan Nacional para la Evaluación de los Aprendizajes (Planea) en su ediciones de 2017 y 2018. La segregación se estimó usando los índices de disimilitud, de segregación de Gorard, de raíz cuadrada de Hutchens y de aislamiento. Los resultados, coherentes con investigaciones internacionales, muestran una alta segregación para el conjunto de México, mayor en el estudiantado de familias con menos recursos que en el de familias con más recursos, y superior en educación secundaria que en primaria. Además, se hallaron grandes diferencias entre las entidades federativas, destacando Chiapas y Oaxaca por su alta segregación, y Estado de México y Tlaxcala por un menor índice de segregación.